Protocols (data analyses)
国立遺伝学研究所・スーパーコンピュータシステムを用いた次世代シークエンサー・データ解析プロトコル
- 国立遺伝学研究所・スーパーコンピュータシステムの利用方法
- Linux の代表的なコマンドの利用方法
- 国立遺伝学研究所・スーパーコンピュータシステムでの Apptainer (旧 Singularity) コンテナの利用方法
- repeatmodeler2 によるリピート配列の検出と repeatmasker によるゲノム配列のマスキング
- GATK (Genome Analysis Toolkit) による VCF (variant call format) file の作成：Best practice for germline short variant discovery（準備中）
- raxml による系統解析（最尤系統樹推定）（準備中）
(note)
I apologize to non-Japanese speakers as this page and associated linked pages are mostly written in Japanese. I appreciate your understnding that the pages are intended for Japanese students and Japanese researchers who use the supercomputer system operated by the National Institute of Genetics in Japan.
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